(一)异位子宫内膜位于输卵管粘膜层如病变位于输卵管峡部或间质部粘膜，管腔可以完全被子宫内膜样组织阻塞，使输卵管正常功能丧失，这应与子宫内膜向输卵管间质部延伸相区别。后者不引起输卵管腔的阻塞，仅使管腔轻微偏离中心，此为正常解剖学变异。输卵管子宫内膜异位症粘膜上皮呈子宫内膜样分化，上皮下有子宫内膜间质细胞。在妊娠或外源性激素刺激下，间质细胞可呈蜕膜变，上皮细胞可呈Arias-Stella反应。输卵管粘膜内也可出现大量含铁血黄素沉积，伴组织细胞反应和纤维化，病变类似于卵巢巧克力囊肿。

    (二)异位子宫内膜位于输卵管浆膜面可导致反复病灶内出血和纤维化，引起周期性腹痛，如因疤痕收缩引起输卵管扭曲变形也可影响生育。

    在输卵管肌层见到腺体和子宫内膜样间质细胞时，必须和峡部结节性输卵管炎相鉴别。如除肌层外同时伴有浆膜面异位子宫内膜组织，或者腺上皮几乎完全缺乏纤毛细胞，形态类似子宫内膜上皮，在腺体周围有间质细胞存在者，则应诊断输卵管子宫内膜异位症。