女性的生殖系统主要包括阴道、子宫及双侧附件（输卵管和卵巢）。阴道是从体外通向宫颈的腔道，即通向子宫的通道。子宫是一个肌性器官，是受精卵或胚胎着床和发育的地方。它的大小和形状象一个梨，其内是空腔—宫腔，内附一层肥沃、有营养的粘膜即内膜。输卵管从子宫顶部向外延伸到达卵巢，卵巢是两个胡桃大小的盛载卵子的器官。
内的卵子在女性出生前就已经生成。在胎儿期（宫内20周）是一个女性体内卵子最多（大约7百万个）的时候。此后，卵子的数量会逐渐减少，且卵子不会再生。女婴出生时，体内的卵子数下降到约2百万个。到她月经初潮时，体内的卵子大约是40万个。
在青春期至绝经期间的每个月中，卵子在卵泡（在卵巢中充满液体的囊泡）中开始发育成熟。这些卵泡中只有一个会成为优势卵泡，而其它卵泡将发生萎缩并被卵巢吸收。在周期中间，优势卵泡会在排卵时释放一个卵子，这个卵子会沿着输卵管一直到达子宫。
妊娠时，卵子与精子在输卵管中相遇并受精。发育的胚胎会沿输卵管运行至子宫，并在大概排卵后7天左右植入内膜。
卵泡发育、成熟最终排卵的一系列复杂变化是由激素来控制的。位于脑部的垂体产生卵巢需要的两种激素：卵泡刺激素（FSH）和黄体生成素（LH）。
随着这些激素的释放，月经周期出现以下三个阶段：卵泡期、排卵期、黄体期。
卵泡期：从月经出血第一天开始， FSH 刺激许多卵泡发育，但随着FSH水平的逐渐下降，最终只有一个卵泡成为优势卵泡并产生成熟卵子。其他的非优势卵泡将被卵巢吸收并不被再利用。发育中的卵泡会产生雌激素，雌激素具有多种功能，如使宫颈粘液变稀薄以利于精子进入子宫；使内膜增厚为着床做准备。卵巢产生的雌激素主要为雌二醇（E2）。
排卵期：非常短暂。开始于随着雌二醇水平的上升，LH骤然升高时。这一LH峰会促进卵子的最后成熟，并导致卵泡破裂从而发生排卵。通常发生在下次月经来潮前的第14天，或月经周期为28天时的第14天。
黄体期：排卵后就进入了黄体期。此时，排卵后的卵泡塌陷并实体化而形成黄体，这一非常重要的结构会产生孕激素，孕激素是促进内膜转化允许受精卵着床、发育所必需的激素。
如果没有妊娠，黄体会在28天月经周期的第26天停止功能。失去孕激素的支持的内膜开始脱落并随月经血排出。
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